室町幕府对于北信浓的乱局并非全无预案。宽正四年( 1460年) ，幕府方面将信浓国一分为二，南信浓依旧由小笠原家受领，北信浓则由越后守护上杉房定兼任。当上杉氏的人马刚刚越过边境，便遭到了国人众高梨政高的邀击。村上氏看准时机与高梨政高结成同盟，由此展开了北抗上杉、南击海野的开疆扩土之旅。应仁元年( 1467年) ， 村上氏夺取小县郡海盐庄，海野氏当家海野持辛战死并由此引发了被称为“海野大乱”的持续内讧。
秉承着“趁他病要他命”的精神，村上氏加紧了对海野氏的全面侵攻。应仁二年( 1468年)，夺取了海野庄、千叶城。文明二年( 1470年) ， 攻占矢波地区(与前文所提到的千叶城均在今日本上田市)。但”滋野三家”毕竟同气连枝，何况村上氏鲸吞北信浓的野心也同时触怒了高井郡豪族井上氏、水内郡豪族栗田氏和以长沼城为据点的信浓岛津氏，各方围绕着北信浓霸权展开了旷日持久的拉锯战。直到天文十年( 1541年) ， 邻国甲斐守护武田信虎加入战团，才给了滋野三家”以致命一击。
挥师西进、加入信浓战团，并非是武田信虎- -时兴起的决定。自永正四年( 1507年)继承家督之位以来，武田信虎首先扑灭了自己的叔叔武田信惠，完成了甲斐国的统一。随后又压制小山田氏等领内豪族，并最终通过联姻的方式与上杉、今川两大强邻结盟。至此，武田家可谓再无后顾之忧，可以全力投入对信浓的攻略之中。天文九年( 1540年) ，武田军首先拿邻近的佐久郡豪族大井氏开刀，打开了进入信浓国的大门。次年，武田信虎又将女儿嫁给身兼武上和神官双重身份的诹访氏第19代家主赖重。正是通过这一桩婚姻，武田信虎间接和村上氏家主义清建立了联系。经过一番密议之后，三方-致决定合力扑灭”滋野三家”，平分其地。
天文十年( 1541年) ，武田、村上、诹访三路大军会攻“滋野三家”的核心领地，史称“海野平之战”。五月二十五日，“滋野三家”最后的据点一尾野山城 (据说就是上田城的前身)被攻陷，海野氏家主栋纲被迫统率族人逃往邻国上野，寻求上杉氏的庇护。而正是在这场流亡的过程中，一个名叫“真田幸纲”的武士脱颖而出，逐渐成为海野氏乃至滋野三家”流亡势力的代言人。真田幸纲与海野家究竟有何渊源，各方史料说法不-。有称其为海野氏嫡流海野栋纲之子的，也有说他是海野栋纲女婿的，还有说他是海野栋纲之子海野幸义嫡子或海野栋纲外孙的。而最为可信的记录来自《良泉寺矢況系图》, 根据这份谱系图的说法：海野栋纲之女嫁与真田右马佐赖昌，生嫡子幸纲。联系到海野栋纲之子海野幸义战死于尾野山城下，晚年无子的海野栋纲很有可能将真田幸纲过继到自己或自己儿子的膝下。这样一来，各方史料中看似矛盾的说法倒是圆满了。